Tsukada Yuki

• Senior Assistant Professor at Funahashi lab in Department of Biosciences and Informatics, Keio University
• used to be an Assistant professor at Mori lab @ Nagoya University
• Ph.D. in Science at NAIST in 2008. Adviser: Shin Ishii (Now his lab moved to Kyoto Univ.)
• Graduated from ICU in 2002. BA of Liberal Arts, majored in computer science

Contact: tsukada(at)fun.bio.keio.ac.jp
(replace (at) to @)



2025年3月　実験医学で連載していた内容を元に生物画像解析の書籍が発刊されました。初歩的な画像解析は既にやっていてさらに深く発展させたい方をターゲットにしているのと、スクリプトを書く入門的な内容になっています。実験研究者にとってのPythonやnapari入門書としても良いと思います。



2021年3月　翻訳本が出版されます。細胞生物学者スティーブ・ロイル教授が執筆したデータサイエンスとしての細胞生物学です。



2018年8月　定量生物学の会に関わっている人が中心になって本ができました！
個体の行動解析についてと細胞運動について執筆担当しました。
様々な生命現象の計測、モデル構築、解析などがわかりやすく書かれています。




ImageJに関する細胞工学での連載が本になりました！
2016年3月25日発売、電子版4月8日発売。
2021年　第6刷とのことです。URLなど軽微な修正はありますが内容は初版とほぼ同じです。

Research Interests:

• Dynamic properties of biological systems
• Quantitative image analysis
• Mathematical modeling for biological systems

Publication list:

Original Research Paper

• Guang Yang, Masaya Inoko, Kaito Ogura, Sumire Ishida-Ishihara, Yuki Tsukada, Akira Funahashi, Masanao Sato, Ryota Uehara "Profiling cell proliferation after whole-genome duplication in human cells" Biol Open 15 (5): bio062568. doi: 10.1242/bio.062568 pubmed (2026)
• Masaya Inoko, Guang Yang, Yuki Tsukada, Ryota Uehara "Sister chromatid separation determines the proliferative properties upon whole-genome duplication via homologous chromosome arrangement" PNAS 123 (16) e2524135123 doi: 10.1073/pnas.2524135123 pubmed (2026)
• Binta Maria Aleogho, Mizuho Mohri, Moon Sun Jang, Sachio Tsukada, Yana Al-Hebri, Hironori J Matsuyama, Yuki Tsukada, Ikue Mori, Kentaro Noma "Aberrant neuronal hyperactivation causes an age-dependent behavioral decline in Caenorhabditis elegans" PNAS 122(1):e2412391122. doi: 10.1073/pnas.2412391122. Epub 2024 Dec 31. pubmed (2024)
• Aoki, I., Shiota, M., Tsukada, Y., Nakano, S., Mori, I. "cGMP dynamics that underlies thermosensation in temperature-sensing neuron regulates thermotaxis behavior in C. elegans" PLoS ONE Dec 6;17(12):e0278343. doi: 10.1371/journal.pone.0278343. open access (2022)
• Nakano, S., Nakayama, A., Kuroyanagi, H., Yamashiro, R., Tsukada, Y., Mori, I. "Genetic screens identified dual roles of MAST kinase and CREB within a single thermosensory neuron in the regulation of C. elegans thermotaxis behavior" G3 Sep 14;jkac248. doi: 10.1093/g3journal/jkac248. Online ahead of print. open access (2022)
• Huang, T., Matsuyama, JH., Tsukada, Y., Singhvi, A., Syu, R., Lu, Y., Shaham, S., Mori, I., Pan, C. "Age‐dependent changes in response property and morphology of a thermosensory neuron and thermotaxis behavior in Caenorhabditis elegans" Aging Cell First published:19 April 2020 https://doi.org/10.1111/acel.13146 open access (2020)
• Nakano, S., Ikeda, M., Tsukada, Y., Fei, X., Suzuki, T., Niino, Y., Ahluwalia, R., Sano, A., Kondo, R., Ihara, K., Miyawaki, M., Hashimoto, K., Higashiyama, T., and Mori, I. "Presynaptic MAST kinase controls opposing postsynaptic responses to convey stimulus valence in Caenorhabditis elegans" Proc. Natl. Acad. Sci. USA Jan 21;117(3):1638-1647. doi: 10.1073/pnas.1909240117. (2020)
• Ikenaka, K., Tsukada, Y., Giles, A.C., Arai, T., Nakadera, Y., Nakano, S., Kawai, K., Mochizuki, H., Katsuno, M., Sobue, G. & Mori, I. "A behavior-based drug screening system using a Caenorhabditis elegans model of motor neuron disease" Sci Rep. 9 10104 (2019)
• Shoichiro Yamaguchi, Honda Naoki, Muneki Ikeda, Yuki Tsukada, Shunji Nakano, Ikue Mori, Shin Ishii "Identification of Animal Behavioral Strategies by Inverse Reinforcement Learning" PLoS Comput Biol. 14(5): e1006122. (2018)
• Kan Yaguchi, Ryo Matsui, Takahiro Yamamoto, Yuki Tsukada, Atsuko Shibanuma, Keiko Kamimura, Toshiaki Koda, Ryota Uehara "Uncoordinated centrosome cycle underlies the instability of nondiploid somatic cells in mammals." J Cell Biol. 217(7):2463-2483. doi: 10.1083/jcb.201701151. Epub ahead of print link Jul 2 (2018)
• Tsukada, Y., Yamao, M., Naoki, H., Shimowada, T., Ohnishi, N., Kuhara, A., Ishii, S. & Mori I. "Reconstruction of spatial thermal gradient encoded in thermosensory neuron AFD in Caenorhabditis elegans." J Neurosci. 36(9): 2571-2581 (2016) Open access
• Uehara, R., Tsukada, Y., Kamasaki, T., Poser, I., Yoda, K., Gerlich, D. W., Goshima G. "Aurora B and Kif2A control microtubule length for assembly of a functional central spindle during anaphase." J Cell Biol. 202:623-636 (2013) pubmed
• Miyara, A., Ohta, A., Okochi, Y., Tsukada, Y., Kuhara, A., Mori, I. "Novel and Conserved Protein Macoilin Is Required for Diverse Neuronal Functions in Caenorhabditis elegans." PLoS Genetics 7(5): e1001384 (2011)
• Hayashi S, Shimoda T, Nakajima M, Tsukada Y, Sakumura Y, Dale JK, Maroto M, Kohno K, Matsui T, Bessho Y. "Sprouty4, an FGF inhibitor, displays cyclic gene expression under the control of the notch segmentation clock in the mouse PSM". PLoS One 4(5):e5603 (2009)
• Tsukada, Y., Aoki, K., Nakamura, T., Sakumura, Y., Matsuda, M., & Ishii, S. "Quantification of local morphodynamics and local GTPase activity by edge evolution tracking". PLoS Comput Biol. 4(11): (2008) e1000223
• Sakumura, Y., Tsukada, Y., Yamamoto, N., & Ishii, S. "A molecular model for axon guidance based on crosstalk between Rho GTPases". Biophys J., 89(2):812-22. (2005) pubmed link

Review Paper

• Sasakura, H., Tsukada, Y., Takagi, S. and Mori, I. "Japanese studies on neural circuits and behavior of Caenorhabditis elegans." Front. Neural Circuits 7:187. doi: 10.3389/fncir.2013.00187 (2013) Open access
• Tsukada, Y.*, Hashimoto, K. "Feedback regulation of microscopes by image processing." Develop Growth Differ. 55:550-562 (2013) pubmed *corresponding author

Peer Reviewed Conference Paper

• Dauwels, J.*, Tsukada, Y.*, Sakumura, Y., Ishii, S., Aoki, K., Nakamura, T., Matsuda, M., Vialatte, F., Cichocki, A. "On the synchrony of morphological and molecular signaling events in cell migration". International Conference on Neural Information Processing (ICONIP), (2008) Lecture Notes in Computer Science (LNCS) 5506:469-477. *equally contribution publisher link
• Tsukada, Y., Sakumura, Y., Ishii, S. "Quantitative Morphodynamic Analysis of Time-Lapse Imaging by Edge Evolution Tracking". International Conference on Neural Information Processing (ICONIP), (2007) Lecture Notes in Computer Science (LNCS) 4984 (2):817-826. publisher link

Book, Book Chapter

• スティーブ・ロイル（著）, 三浦 耕太（訳）, 塚田 祐基（訳） "デジタル細胞生物学" メディカルサイエンスインターナショナル (2021) 出版社サイト
• 高木 拓明, 塚田 祐基 "細胞運動の定量生物学" 定量生物学　小林 徹也 編　化学同人 (2018) 出版社サイト
• 塚田 祐基 "個体行動の定量生物学" 定量生物学　小林 徹也 編　化学同人 (2018) 出版社サイト
• 三浦 耕太, 塚田 祐基,（編著） "ImageJではじめる生物画像解析" 学研メディカル秀潤社 (2016) 出版社サイト
• Tsukada, Y., Mori, I.　"Optogenetics in Caenorhabditis elegans" Optogenetics -Light-Sensing Proteins and Their Applications, Springer (2015) publisher link
• Tsukada, Y., Mori, I.　"Behavioral Analysis in Caenorhabditis elegans" Methods in Neuroethological Research, Springer (2013) publisher link
• 塚田 祐基, 森 郁恵　"線虫を用いたオプトジェネティクス研究" オプトジェネティクス-光工学と遺伝学による行動制御技術の最前線- NTS出版 (2013) 出版社サイト

Award

• Student Best Paper Award for "Quantitative Morphodynamic Analysis of Time-Lapse Imaging by Edge Evolution Tracking". International Conference on Neural Information Processing (ICONIP), (2007).

日本語記事 / Japanese Articles

• 塚田　祐基　三浦 耕太 "型で学ぶ生物画像解析" 実験医学にて連載中 2023年10月号Vol.41 No.16-
• 塚田　祐基 "概論-顕微鏡実験の拡張は難しくない" DIYで顕微鏡を拡張しよう！ 実験医学 2019年11月号Vol.37 No.18
• 塚田　祐基 "顕微鏡拡張に何が必要？どう構築する？" DIYで顕微鏡を拡張しよう！ 実験医学 2019年11月号Vol.37 No.18
• 塚田　祐基 "さらなる発展のために" DIYで顕微鏡を拡張しよう！ 実験医学 2019年11月号Vol.37 No.18
• 塚田　祐基, 森　郁恵 "線虫の温度走性行動における神経活動による温度空間勾配のエンコーディング" 生物物理誌 2018年 Vol.58 No.1 031-033 DOI: 10.2142/biophys.58.031
• 塚田　祐基 "線虫の画像処理からモデリングまで" 生体の科学 2017年 Vol.68 No.5
• 塚田　祐基, 三浦　耕太 "ImageJ 定量階梯" 細胞工学にて連載(全16回) 2013年12月号 Vol.32 No.12〜2015年3月号　Vol.34 No.3
• 塚田　祐基, 森 郁恵 "線虫を用いたオプトジェネティクス研究" 実験医学 2012年10月号 Vol.30 No.16
• 塚田　祐基 (2011) "μマネージャー入門" 実験医学 2011年12月号 Vol.29 No.19
• 塚田　祐基 "私の学会聞き歩き　定量生物学の会・第三回年会：手段を選ばない生命科学総力戦へ向けて"　細胞工学　2011年4月号 Vol.30 No.4
• 塚田　祐基,　作村　諭一 (2010) "細胞形態変化の定量と現象論的モデル" 細胞工学 2010年4月号 Vol.29 No.4

ウェブ上の記事、セミナー / Articles and seminars on Web

• 2024年8月15日　塚田　祐基　生物画像解析で何が求められるか？ -現状と動向-　データ解析講習会：AJACS　NBDC YouTube Liveによるオンライン配信
• ImageJを使った体積測定@LP-tech
• 塚田　祐基, 三浦　耕太 "ImageJ 定量階梯"サポートサイト
• 脳科学事典　線虫
• ImageJ ベースの顕微鏡制御ソフト、マイクロマネージャーのサイト翻訳

出張授業 / Outside Lectures

• 2024年7月1日　顕微鏡から画像解析まで　愛知医科大学　医学部医学科講義
• “Decoding a compact neural circuit of Caenorhabditis elegans” Neural Coding and Combinatorics,1st Nov 2023, ICERM Brown University Oct 30 - Nov 3, 2023, highlight at NSF site
• 2023年9月13-15日　画像解析　北海道大学大学院医学研究院大学院共通授業科目　蛍光イメージング入門
• 2023年5月9日　名古屋大学大学院多元数理科学研究科　「応用数理特別講義II」生命科学への数理解析の貢献
• 2022年5月12日　名古屋大学大学院多元数理科学研究科　「応用数理特別講義II」生命科学への数理解析の貢献
• 2021年11月11日　名古屋大学大学院多元数理科学研究科　「応用数理特別講義II」生命科学への数理解析の貢献
• 2020年9月16日、17日　名古屋市立大学大学院システム自然科学研究科　「生命情報学特論」生物画像解析学　90分x8コマ
• 2019年9月12日、13日　名古屋市立大学大学院システム自然科学研究科　「生命情報学特論」生物画像解析学　90分x8コマ
• 2015年10月20日 慶応義塾大学　先端生命科学研究所鶴岡キャンパス講義「先端研究」バイオイメージングと神経科学
• 2015年5月29日 特別講義「バイオイメージングにおける画像解析ソフトウェア：ImageJを例に」山形大学大学院理工学研究科「情報科学特論」「応用生命システム工学特論」工学部「情報科学特別講義」「応用生命システム工学特別講義」