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論文

  1. Yamada, H., Ogawa, Y., Ooya, T., Ishimori, T., Osana, Y., Yoshimi, M., Nishikawa, Y., Funahashi, A., Hiroi, N., Amano, H., Shibata, Y., and Oguri, K..
    "Automatic Pipeline Construction Focused on Similarity of Rate Law Functions for an FPGA-based Biochemical Simulator." IPSJ Transactions on System LSI Design Methodology. vol.3. 2010. pp.244--256.
  2. Katayama, T., Arakawa, K., Nakao, M., Ono, K., Aoki-Kinoshita, K., Yamamoto, Y., Yamaguchi, A., Kawashima, S., Chun, H. W., Aerts, J., Aranda, B., Barboza, L. H., Bonnal, R., Bruskiewich, R., Bryne, J., Fernendez, J., Funahashi, A., Gordon, P., Goto, N., Groscurth, A., Gutteridge, A., Holland, R., Kano, Y., Kawas, E., Kerhornou, A., Kibukawa, E., Kinjo, A., Kuhn, M., Lapp, H., and Lehvaslaiho, H..
    "The DBCLS BioHackathon: standardization and interoperability for bioinformatics web services and workflows." Journal of Biomedical Semantics. 1 (1). 2010. pp.8. http://www.jbiomedsem.com/content/1/1/8
  3. 舟橋 啓, 松岡 由希子, 上樂 明也, 瀧沢 大夢, 広井 賀子, Samik Ghosh, 菊池 紀広, and 北野 宏明.
    "細胞シミュレータCellDesignerの設計と実装." 計測と制御. 49 (8). Aug2010. pp.531--536.
  4. Novere, N. L., Hucka, M., Mi, H., Moodie, S., Schreiber, F., Sorokin, A., Demir, E., Wegner, K., Aladjem, M. I., Wimalaratne, S. M., Bergman, F. T., Gauges, R., Ghazal, P., Kawaji, H., Li, L., Matsuoka, Y., Villeger, A., Boyd, S. E., Calzone, L., Courtot, M., Dogrusoz, U., Freeman, T. C., Funahashi, A., Ghosh, S., Jouraku, A., Kim, S., Kolpakov, F., Luna, A., Sahle, S., Schmidt, E., Watterson, S., Wu, G., Goryanin, I., Kell, D. B., Sander, C., Sauro, H., Snoep, J. L., Kohn, K., and Kitano, H..
    "The Systems Biology Graphical Notation." Nature Biotechnology. 27 (8). 2009. pp.735--741. http://dx.doi.org/10.1038/nbt.1558
  5. 岩岡 洋, 長名 保範, 吉見 真聡, 西川 由理, 小嶋 利紀, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明, and 天野 英晴.
    "FPGA上でのシミュレーションに向けた生化学コンパイラの実装." 電子情報通信学会論文誌D. J91-D (9). September2008. pp.2205--2216.
  6. Funahashi, A., Matsuoka, Y., Jouraku, A., Morohashi, M., Kikuchi, N., and Kitano, H..
    "CellDesigner 3.5: A Versatile Modeling Tool for Biochemical Networks." Proceedings of the IEEE, Special Issue: Computational Systems Biology. 96 (8). August2008. pp.1254-1265.
  7. 吉見真聡, 西川由理, 長名保範, 舟橋啓, 広井賀子, 柴田裕一郎, 山田英樹, 北野宏明, and 天野英晴.
    "FPGAを用いた高スループット確率モデル生化学シミュレータの設計と評価." 情報処理学会論文誌:コンピューティングシステム. 1 (3). Dec2008. pp.120-135.
  8. Nordling, T., Hiroi, N., Funahashi, A., and Kitano, H..
    "Deduction of intracellular sub-systems from a topological description of the network." Molecular Biosystems. 3 (8). August2007. pp.523-529.
  9. Osana, Y., Yoshimi, M., Iwaoka, Y., Kojima, T., Nishikawa, Y., Funahashi, A., Hiroi, N., Shibata, Y., Iwanaga, N., Kitano, H., and Amano, H..
    "ReCSiP: An FPGA-Based Biochemical Simulator (English translation of Osana et.al, on Trans. IEICE J89-D)." Electronics and Communications in Japan (Part II: Electronics). 90 (7). July2007. pp.1--10.
  10. Funahashi, A., Jouraku, A., Matsuoka, Y., and Kitano, H..
    "An integration of CellDesigner and SABIO-RK." In Silico Biology. 7 (2). March2007. pp.S81--S90.
  11. 吉見 真聡, 長名 保範, 岩岡 洋, 西川 由理, 小嶋 利紀, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 舟橋 啓, 広井 賀子, 北野 宏明, and 天野 英晴.
    "FPGAを用いた確率モデル生化学シミュレータ." 情報処理学会論文誌 コンピューティングシステム. 48 (SIG 3 (ACS 17)). February2007. pp.45--58.
  12. 長名 保範, 吉見 真聡, 岩岡 洋, 小嶋 利紀, 西川 由理, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明, and 天野 英晴.
    "FPGAを用いた汎用生化学シミュレータReCSiP." 電子情報通信学会論文誌D. J89-D (6). June2006. pp.1163--1172.
  13. Hiroi, N., Funahashi, A., and Kitano, H..
    "Analysis for Dimension-Restricted Kinetics with Bacterial Endonuclease Movement." WSEAS Transactions on Biology and Biomedicine. 3 (1). January2006. pp.1--6.
  14. Hiroi, N., Funahashi, A., and Kitano, H..
    "Comparative studies of suppression of malignant cancer cell phenotype by antisense oligo DNA and small interfering RNA." Cancer Gene Therapy. 13 (1). January2006. pp.7--12. http://www.nature.com/cgt/journal/v13/n1/abs/7700869a.html
  15. Kitano, H., Funahashi, A., Matsuoka, Y., and Oda, K..
    "Using process diagrams for the graphical representation of biological networks." Nature Biotechnology. 23 (8). August2005. pp.961--966. http://www.nature.com/nbt/journal/v23/n8/abs/nbt1111.html
  16. Oda, K., Matsuoka, Y., Funahashi, A., and Kitano, H..
    "A comprehensive pathway map of epidermal growth factor receptor signaling." Nature Molecular Systems Biology. 1 (1). May2005. pp.1--17. http://www.nature.com/msb/journal/v1/n1/full/msb4100014.html
  17. Hucka, M., Finney, A., Bornstein, B.J., Keating, S.M., Shapiro, B.E., Matthews, J., Kovitz, B.L., Schilstra, M.J., Funahashi, A., Doyle J.C., and Kitano, H..
    "Evolving a lingua franca and associated software infrastructure for computational systems biology: the Systems Biology Markup Language (SBML) project." IEE Systems Biology. 1 (1). September2004. pp.41-53. http://sbml.org/documents/papers/iee-paper-printed.pdf
  18. Oda, K., Kimura, T, Matsuoka, Y., Funahashi, A., Muramatsu, M., and Kitano, H..
    "Molecular Interaction Map of Macrophage." AfCS Report. 2 (14). August2004. pp.1--12. http://afcs.lbl.gov/reports/v2/DA0014/DA0014.htm
  19. Funahashi, A., Tanimura, N., Morohashi, M., and Kitano, H..
    "CellDesigner: a process diagram editor for gene-regulatory and biochemical networks." BioSilico. 1 (5). November2003. pp.159--162. http://www.symbio.jst.go.jp/symbio/paper/BioSilicoNov2003Funahashi.pdf
  20. 井川 郁哉 and 舟橋 啓.
    "Z-routing: イレギュラーネットワークにおける適応型ルーティングに関する研究." 情報処理学会論文誌. 43 (3). March2002. pp.754--763.
  21. 杉山 伸悟 and 舟橋 啓.
    "チャネルの使用条件に基づいたアウトプットセレクションファンクションに関する研究." 情報処理学会論文誌. 43 (3). March2002. pp.764--775.
  22. Funahashi, A., Koibuchi, M., Jouraku, A., and Amano, H..
    "The Impact of Output Selection Function on Adaptive Routing." ISCA Information: An International Journal. 4 (4). November2001. pp.541--550. http://www.symbio.jst.go.jp/~funa/papers/info2001.pdf
  23. 鯉渕 道紘, 舟橋 啓, 上樂 明也, and 天野 英晴.
    "L-turn routing: Irregular Network における Adaptive Routing." 情報処理学会論文誌ハイパフォーマンスコンピューティングシステム. 42 (SIG 9). August2001. pp.119--134.
  24. Yang, Y., Funahashi, A., Jouraku, A., Nishi, H., Amano, H., and Sueyoshi, T..
    "Recursive Diagonal Torus: an interconnection network for massively parallel computers." IEEE Trans. on Parallel and Distributed Systems. 12 (7). July2001. pp.701--715. http://www.symbio.jst.go.jp/~funa/papers/ieee2001.pdf
  25. 鯉渕 道紘, 舟橋 啓, 上樂 明也, and 天野 英晴.
    "適応型ルーティングにおける output selection function に関する研究." 情報処理学会論文誌. 42 (4). April2001. pp.704--713.
  26. 舟橋 啓, 上樂 明也, and 天野 英晴.
    "相互結合網 RDT における adaptive routing." 電子情報通信学会論文誌. J83-D-I (11). November2000. pp.1143--1153. http://www.symbio.jst.go.jp/~funa/papers/ieice2000.pdf
  27. Funahashi, A., Hanawa, T., and Amano, H..
    "Fault tolerance of the TBSF (Tandem Banyan Switching Fabrics) and PBSF (Piled Banyan Switching Fabrics)." IEICE Transactions on Information and Systems. E79-D (8). August1996. pp.1180--1189. http://www.symbio.jst.go.jp/~funa/papers/ieice96.pdf

学会発表

  1. Yoshimi, M., Nishikawa, Y., Osana, Y., Funahashi, A., Hiroi, N., Shibata, Y., Yamada, H., Kitano, H., and Amano, H..
    "Practical Implementation of a Network-based Stochastic Biochemical Simulation System on an FPGA." The 18th International Conference on Field Programmable Logic and Applications(FPL'08). Heidelberg, Germany. September2008.
  2. Yamada, H., Iwanaga, N., Shibata, Y., Osana, Y., Yoshimi, M., Iwaoka, Y., Nishikawa, Y., Kojima, T., Amano, H., Funahashi, A., Hiroi, N., Kitano, H., and Oguri, K..
    "A Combining Technique of Rate Law Functions for a Cost-effective Reconfigurable Biological Simulator." The 17th International Conference on Field Programmable Logic and Applications(FPL'07). Amsterdam, Netherlands. August2007. pp.808--811.
  3. Yoshimi, M., Iwaoka, Y., Nishikawa, Y., Kojima, T., Osana, Y., Funahashi, A., Hiroi, N., Shibata, Y., Iwanaga, N., Yamada, H., Kitano, H., and Amano, H..
    "FPGA Implementation of a data-driven stochastic biochemical simulator with the next reaction method." The 17th International Conference on Field Programmable Logic and Applications(FPL'07). Amsterdam, Netherlands. August2007. pp.254--259.
  4. Funahashi, A., Jouraku, A., Matsuoka, Y., Kikuchi, N., and Kitano, H..
    "An integration of CellDesigner and SABIO-RK." Storage and Annotation of Reaction Kinetics Data. Heidelberg, Germany. May2007.
  5. Osana, Y., Yoshimi, M., Iwaoka, Y., Kojima, T., Nishikawa, Y., Shibata, Y., Iwanaga, N., Funahashi, A., Hiroi, N., Kitano, H., and Amano, H..
    "A Hardware Accelerator for Biochemical Simulations." Winter Simulation Conference 2006. Monterey, USA. December2006.
  6. Funahashi, A., Matsuoka, Y., Jouraku, A., Kikuchi, N., and Kitano, H..
    "CellDesigner: A Modeling Tool for Biochemical Networks." Winter Simulation Conference 2006. Monterey, USA. December2006. pp.1707--1712.
  7. Yoshimi, M., Osana, Y., Iwaoka, Y., Nishikawa, Y., Kojima, T., Funahashi, A., Hiroi, N., Shibata, Y., Iwanaga, N., Kitano, H., and Amano, H..
    "An FPGA Implementation of High Throughput Stochastic Simulator for Large-Scale Biochemical Systems." Proceedings of 2006 International Conference on Field Programmable Logic and Applications. Madrid, Spain. August2006. pp.227-232.
  8. Osana, Y., Yoshimi, M., Iwaoka, Y., Kojima, T., Nishikawa, Y., Funahashi, A., Hiroi, N., Shibata, Y., Iwanaga, N., Kitano, H., and Amano, H..
    "Performance Evaluation of an FPGA-based Biochemical Simulator ReCSiP." Proceedings of 2006 International Conference on Field Programmable Logic and Applications. Madrid, Spain. August2006. pp.845--850.
  9. Hiroi, N., Funahashi, A., and Kitano, H..
    "Kinetics for in vivo molecular diffusion." Conference on Systems Biology of Mammalian Cells (SBMC 2006). Heidelberg, Germany. July2006. pp.11--12. http://sbmc06.de/
  10. Nishikawa, Y., Osana, Y., Yoshimi, M., Iwaoka, Y., Kojima, T., Funahashi, A., Hiroi, N., Shibata, Y., Iwanaga, N., Kitano, H., and Amano, H..
    "An Evaluation and Investigation of Dual-Thread Numerical Integration Mechanism for FPGA-based Biochemical Simulator ReCSiP." Coolchips IX. Yokohama, Japan. April2006. pp.195-197.
  11. Hiroi, N., Funahashi, A., and Kitano, H..
    "Two numerical model analysis for the movement of a restriction enzyme." Foundations of Systems Biology in Engineering (FOSBE 2005). Santa Barbara, USA. August2005. pp.263--266. http://www.fosbe.org/
  12. Hiroi, N., Funahashi, A., and Kitano, H..
    "Analysis for dimension restriction kinetics with bacterial endonuclease movement." The 2005 WSEAS International Conference on Cellular and Molecular Biology -- Biophysics and Bioengineering. Athens, Greece. July2005. pp.1--6. http://www.worldses.org/conferences/2005/greece/bio/index.html
  13. Hucka, M., Finney, A., Bornstein, B., Shapiro, B., Kovitz, B., Keating, S., Matthews, J., Funahashi, A., Sauro, H., Doyle, J., and Kitano, H..
    "Software Infrastructure for Enabling Greater Collaboration in Computational Modeling: The Systems Biology Markup Language (SBML) Project." International Conference on Molecular Systems Biology (ICMSB'04). Tahoe City, USA. August2004.
  14. Funahashi, A..
    "Software platform for systems biology." Kitano Symbiotic Systems Project Symposium. MeSci, Tokyo. September2003. http://www.symbio.jst.go.jp/symbio/sympo/index_e.htm
  15. Hucka, M., Finney, A., Sauro, H., Bornstein, B., Shapiro, B., Schilstra, M., Kovitz, B., Matthews, J., Keating, S., Funahashi, A., Doyle, J., and Kitano, H..
    "Systems Biology Markup Language (SBML): Recent Progress and Current Directions." First IECA Conference on Systems Biology of E. coli. Tsuruoka, Japan. June2003.
  16. Hucka, M., Finney, A., Sauro, H., Bornstein, B., Shapiro, B., Schilstra, M., Kovitz, B., Matthews, J., Keating, S., Funahashi, A., Doyle, J., and Kitano, H..
    "The Systems Biology Markup Language (SBML) Level 2." Beyond Genome 2003 Systems Biology: Pathways to Drug Development. San Diego, USA. June2003.
  17. Jouraku, A., Koibuchi, M., Amano, H., and Funahashi, A..
    "Routing Algorithms on 2D Turn Model for Irregular Networks." Proc. of the IEEE International Symposium on Parallel Architectures, Algorithms, and Networks (ISPAN 2002). Rockwell Center, Philippines. May2002. pp.289--294. http://www.am.ics.keio.ac.jp/proj/anlys/papers/cluster2003.pdf
  18. Koibuchi, M., Funahashi, A., Jouraku, A., and Amano, H..
    "L-turn routing: An Adaptive Routing in Irregular Networks." Proc. of the IEEE International Conference on Parallel Processing (ICPP 2001). Valencia, Spain. September2001. pp.374--383. http://www.symbio.jst.go.jp/~funa/papers/icpp2001.pdf
  19. Koibuchi, M., Jouraku, A., Funahashi, A., and Amano, H..
    "MMLRU selection function: An Output Selection Function on Adaptive Routing." Proc. of the ISCA 14th International Conference on Parallel and Distributed Computing Systems (PDCS 2001). Texas, USA. August2001. pp.1--6. http://www.symbio.jst.go.jp/~funa/papers/pdcs2001.pdf
  20. 舟橋 啓, 鯉渕 道紘, 上樂 明也, and 天野 英晴.
    "Irregular Network における Adaptive Routing の提案." 並列処理シンポジウム JSPP 2001 論文集. 京都リサーチパーク, 京都. June2001. pp.247--254. http://www.symbio.jst.go.jp/~funa/papers/jspp2001.pdf
  21. 鯉渕 道紘, 舟橋 啓, 上樂 明也, and 天野 英晴.
    "適応型ルーティングにおける output selection functionの提案." 並列処理シンポジウム JSPP 2001 論文集. 京都リサーチパーク, 京都. June2001. pp.255--262. http://www.symbio.jst.go.jp/~funa/papers/jspp2001mmlru.pdf
  22. Funahashi, A., Koibuchi, M., Jouraku, A., and Amano, H..
    "The Impact of Output Selection Function on Adaptive Routing." Proc. of the ISCA International Conference on Computers And Their Applications (CATA 2001). March2001. pp.241--246. http://www.symbio.jst.go.jp/~funa/papers/cata2001.pdf
  23. 鯉渕 道紘, 舟橋 啓, 上樂 明也, and 天野 英晴.
    "適応型ルーティングにおける output selection function." 並列処理シンポジウム JSPP 2000 論文集. 早稲田大学, 東京. May2000. pp.181--188. http://www.symbio.jst.go.jp/~funa/papers/jspp2000.pdf
  24. Funahashi, A., Jouraku, A., and Amano, H..
    "Adaptive routing on the Recursive Diagonal Torus." Proc. of the ISCA 12th International Conference on Parallel and Distributed Computing Systems (PDCS'99). Florida, USA. August1999. pp.171--177. http://www.symbio.jst.go.jp/~funa/papers/pdcs1999.pdf
  25. Fan, Q., Yang, Y., Funahashi, A., and Amano, H..
    "A Torus Assignment for an Interconnection Network Recursive Diagonal Torus." Proc. of the IEEE International Symposium on Parallel Architectures, Algorithms and Networks (ISPAN'99). Fremantle, Australia. June1999. pp.74--79. http://www.symbio.jst.go.jp/~funa/papers/ispan1999.pdf
  26. Funahashi, A., Hanawa, T., Kudoh, T., and Amano, H..
    "Adaptive routing on the Recursive Diagonal Torus." Proc. of the International Symposium on High Performance Computing (ISHPC'97). Fukuoka, Japan. November1997. pp.171--182. http://www.symbio.jst.go.jp/~funa/papers/ishpc1999.pdf
  27. 安川 英樹, 舟橋 啓, 西村 克信, 塙 敏博, and 天野 英晴.
    "キャッシュ制御機構内蔵型多段結合網:MINC." 並列処理シンポジウム JSPP 1996 論文集. 早稲田大学, 東京. June1996. pp.129--136. http://www.symbio.jst.go.jp/~funa/papers/jspp1996.pdf
  28. Funahashi, A., Hanawa, T., and Amano, H..
    "Fault tolerance of the MIN with multiple outlets." Proc. of the 1995 IEEE Pacific Rim International Symposium on Fault-Tolerant Systems (PRFTS'95). , USA. December1995. pp.204--209. http://www.symbio.jst.go.jp/~funa/papers/prfts1996.pdf

書籍

  1. Funahashi, A..
    "CellDesigner software: a graphical biological network editor and workbench interfacing simulator (Chapter 21 of Introduction to Systems Biology)." Sangdun Choi. Humana Press, NJ USA. ISBN: 1-58829-706-3. July2007.
  2. Hiroi, N. and Funahashi, A..
    "Kinetics of Dimension Restricted Condition (Chapter 14 of Introduction to Systems Biology)." Sangdun Choi. Humana Press, NJ USA. ISBN: 1-58829-706-3. July2007.
  3. Shapiro, B., Finney, A., Hucka, M., Bornstein, B., Funahashi, A., Jouraku, A., Keating, S., Novere, N., Matthews, J., and Schilstra, M..
    "SBML Models and MathSBML (Chapter 20 of Introduction to Systems Biology)." Sangdun Choi. Humana Press, NJ USA. ISBN: 1-58829-706-3. July2007.
  4. Finney, A., Hucka, M., Bornstein, B., Keating, S., Shapiro, B., Matthews, J., Kovitz, B., Schilstra, M., Funahashi, A., Doyle, J., and Kitano, H..
    "Software Infrastructure for Effective Communication and Reuse of Computational Models (Chapter 17 of System Modeling in Cellular Biology)." Zallasi, Z. and Stelling, J. and Perial, V.. MIT Press, NJ USA. ISBN: 0-262-19548-8. March2006. http://mitpress.mit.edu/catalog/item/default.asp?ttype=2&tid=10923
  5. 舟橋 啓 and 西本 隆之助.
    "入門 FreeBSD." 秀和システム. ISBN: 4-87966-816-8. August1998.

レビュー、記事

  1. 舟橋 啓.
    "システムバイオロジー研究のためのソフトウェア標準化." バイオテクノロジージャーナル. 5 (1). January2005. pp.39--46. http://www.yodosha.co.jp/btjournal/bookdata/489706161X/sedit1.html
  2. 舟橋 啓.
    "ソフトウェアの統合と標準化の基盤, SBML と SBW." 蛋白質核酸酵素. 48 (7). July2003. pp.810--816. http://www.kyoritsu-pub.co.jp/pne/libs/2003/usual06.html
  3. 舟橋 啓, 諸橋 峰雄, Hucka, M., Finney, A., Sauro, H., Bolouri, H., Doyle, J., and 北野 宏明.
    "システムバイオロジーにおけるソフトウェア基盤." Nature Insight. 423 (6940). June2003. pp.48--57. http://www.natureasia.com/campaign/computationalbiology/index.php
  4. 舟橋 啓.
    "zshマスター: 第13回 compsysを利用した補完機能の設定." UNIX USER. no.5, . May2003. pp.105--118. http://www.unixuser.jp/magazine/2003/200305.html
  5. 舟橋 啓.
    "zshマスター: 第12回 標準モジュールとユーザ関数の活用." UNIX USER. no.4, . April2003. pp.103--112. http://www.unixuser.jp/magazine/2003/200304.html
  6. 舟橋 啓.
    "zshマスター: 第11回 ヒストリ,ハッシュ,定義関数のコンパイル." UNIX USER. no.3, . March2003. pp.97--104. http://www.unixuser.jp/magazine/2003/200303.html
  7. 舟橋 啓.
    "zshマスター: 第10回 内部コマンドをマスターしよう." UNIX USER. no.2, . February2003. pp.99--104. http://www.unixuser.jp/magazine/2003/200302.html
  8. 舟橋 啓.
    "zshマスター: 第9回 関数を使って活用しよう." UNIX USER. no.1, . January2003. pp.79--88. http://www.unixuser.jp/magazine/2003/200301.html
  9. 舟橋 啓.
    "zshマスター: 第8回 リダイレクトとパイプ,変数展開の徹底活用." UNIX USER. no.12, . December2002. pp.105--112. http://www.unixuser.jp/magazine/2002/200212.html
  10. 舟橋 啓.
    "zshマスター: 第7回 ファイル/変数展開の活用." UNIX USER. no.11, . November2002. pp.95--100. http://www.unixuser.jp/magazine/2002/200211.html
  11. 舟橋 啓.
    "zshマスター: 第6回 ジョブ制御やヒストリ機能をさらにカスタマイズ." UNIX USER. no.10, . October2002. pp.97--104. http://www.unixuser.jp/magazine/2002/200210.html
  12. 舟橋 啓.
    "zshマスター: 第5回 setopt設定の妙とログイン,ログアウトの監視." UNIX USER. no.9, . September2002. pp.93--100. http://www.unixuser.jp/magazine/2002/200209.html
  13. 舟橋 啓.
    "zshマスター: 第4回 便利なキーバインドとメールチェック." UNIX USER. no.8, . August2002. pp.101--108. http://www.unixuser.jp/magazine/2002/200208.html
  14. 舟橋 啓.
    "zshマスター: 第3回 setoptによる機能拡張の基本." UNIX USER. no.7, . July2002. pp.95--100. http://www.unixuser.jp/magazine/2002/200207.html
  15. 舟橋 啓.
    "zshマスター: 第2回 設定ファイルの扱いと強力な補完機能." UNIX USER. no.6, . June2002. pp.73--80. http://www.unixuser.jp/magazine/2002/200206.html
  16. 舟橋 啓.
    "zshマスター: 第1回 すぐに使いこなせる便利な機能." UNIX USER. no.5, . May2002. pp.79--86. http://www.unixuser.jp/magazine/2002/200205.html
  17. 舟橋 啓.
    "qmailを導入しよう." UNIX USER. no.4, . April2001. pp.48--55. http://www.unixuser.jp/magazine/2001/200104.html

講義、講演

  1. 小林 徹也 and 舟橋 啓.
    "システムバイオロジーの最前線: 定量生物学から計算生物学まで." 農学生命情報科学特論II. 東京大学大学院農学生命科学研究科, 東京. October2008.
  2. Funahashi, A..
    "CellDesigner 4.0: A Process Diagram Editor for Gene-Regulatory and Biochemical Networks." Tutorials at ICSB 2008. Goteborg, Sweden. August2008.
  3. Le Novere, N., Hucka, M., Kitano, H., and Funahashi, A..
    "The Process Diagrams of the Systems Biology Graphical Notation." Tutorials at ICSB 2008. Goteborg, Sweden. August2008.
  4. Funahashi, A..
    "CellDesigner 4.0: A Process Diagram Editor for Gene-Regulatory and Biochemical Networks." Tutorials at ICSB 2007. California, USA. October2007.
  5. Funahashi, A..
    "CellDesigner tutorial." Tutorials at ICSB 2006. Yokohama, Japan. October2006.
  6. 舟橋 啓.
    "システムバイオロジーにおけるソフトウェア基盤." システムバイオロジー. 慶應義塾大学理工学部生命情報工学科, 横浜. October2006.
  7. 舟橋 啓.
    "システムバイオロジーにおけるソフトウェア基盤." システムバイオロジー. 慶應義塾大学理工学部生命情報工学科, 横浜. November2005.
  8. 舟橋 啓.
    "簡単プログラミングでコンピュータを従える." UNIX講座. 東北公益文科大学, 山形. February2005.
  9. 舟橋 啓.
    "システムバイオロジーにおけるソフトウェア基盤." システムバイオロジー. 慶應義塾大学理工学部生命情報工学科, 横浜. December2004.
  10. 舟橋 啓.
    "システムバイオロジーにおけるソフトウェア基盤." システムバイオロジー. 早稲田大学大学院理工学研究科, 東京. July2004. http://www2.sci.waseda.ac.jp/midas/SYLLABUS/ref_frame?2004360120T27001+index
  11. 舟橋 啓.
    "テキスト主義宣言." UNIX講座. 東北公益文科大学, 山形. February2004. http://www.koeki-u.ac.jp/extension16.html
  12. 舟橋 啓.
    "ソフトウェアの統合と標準化の基盤,SBMLとSBW." 第1回バイオインフォマティクスセミナー. 富士総合研究所, 東京. December2003. http://www.jbic.or.jp/bio_info/2003/03110702.pdf
  13. Funahashi, A..
    "Introduction of SBML, SBW compliant software." Systems Biology Workshop and Tutorial, SBML/SBW Tutorial. MeSci, Tokyo. September2003. http://www.symbio.jst.go.jp/symbio/sympo/index_we.htm
  14. 舟橋 啓.
    "コンピュータの公益性." 現代社会進化論. 東北公益文科大学, 山形. February2003. http://www.koeki-u.ac.jp/news28.html

研究会

  1. 石森 智也, 山田 英樹, 柴田 裕一郎, 長名 保範, 吉見 真聡, 西川 由理, 小嶋 利紀, 天野 英晴, 舟橋 啓, 広井 賀子, 北野 宏明, and 小栗 清.
    "FPGAを用いた生化学シミュレータにおける入力ポート制約を考慮した演算パイプラインスケジューリング." リコンフィギャラブルシステム研究会(RECONF). May2008. pp.113--118.
  2. Funahashi, A..
    "CellDesigner 4.0beta." Super-hackathon: Standards and Ontologies for Systems Biology. Okinawa, Japan. January2008.
  3. 山田 英樹, 岩永 直樹, 柴田 裕一郎, 長名 保範, 吉見 真聡, 岩岡 洋, 西川 由理, 小嶋 利紀, 天野 英晴, 舟橋 啓, 広井 賀子, 北野 宏明, and 小栗 清.
    "生化学シミュレータReCSiPにおける反応速度式共有化." リコンフィギャラブルシステム研究会(RECONF). May2007. pp.13--18.
  4. Funahashi, A..
    "CellDesigner 4, towards CellDesigner 5." Second BioModels.net training camp. Manchester, UK. January2007.
  5. 小嶋 利紀, 長名 保範, 吉見 真聡, 岩岡 洋, 西川 由理, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明, and 天野 英晴.
    "FPGAを用いたPCIバス接続型アクセラレータカードにおけるホストインターフェイス." FPGA/PLD Design Conference. January2007. pp.33--40.
  6. 吉見 真聡, 岩岡 洋, 西川 由理, 小嶋 利紀, 長名 保範, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 舟橋 啓, 広井 賀子, 北野 宏明, and 天野 英晴.
    "高速確率モデル生化学シミュレータのFPGA上への実装に関する検討." 第29回パルテノン研究会. December2006. pp.29--36.
  7. Funahashi, A..
    "CellDesigner update." The 11th Forum on Software Platforms for Systems Biology. Yokohama, Japan. October2006. http://www.sbml.org/workshops/eleventh/
  8. 吉見 真聡, 長名 保範, 岩岡 洋, 西川 由理, 小嶋 利紀, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 舟橋 啓, 広井 賀子, 北野 宏明, and 天野 英晴.
    "FPGAを用いた確率モデル生化学シミュレータ." 先進的計算基盤システムシンポジウム SACSIS 2006 論文集. May2006. pp.151--158.
  9. 小嶋 利紀, 長名 保範, 吉見 真聡, 西川 由理, 岩岡 洋, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明, and 天野 英晴.
    "FPGAボードにおける汎用ホストインターフェイスの実装と 評価." リコンフィギャラブルシステム研究会(RECONF). May2006. pp.55--60.
  10. 長名 保範, 吉見 真聡, 岩岡 洋, 小嶋 利紀, 西川 由理, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明, and 天野 英晴.
    "FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおけるハードウェアリソース消費に関する考察." リコンフィギャラブルシステム研究会(RECONF). 慶應大,横浜. January2006. pp.59--64. http://www.ieice.org/ken/program/index.php?tgid=RECONF&lang=jpn
  11. 西川 由理, 長名 保範, 吉見 真聡, 岩岡 洋, 小嶋 利紀, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明, and 天野 英晴.
    "FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおける数値積分機構の性能改善手法." リコンフィギャラブルシステム研究会(RECONF). 慶應大,横浜. January2006. pp.53--58. http://www.ieice.org/ken/program/index.php?tgid=RECONF&lang=jpn
  12. 吉見 真聡, 長名 保範, 岩岡 洋, 西川 由理, 小嶋 利紀, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明, and 天野 英晴.
    "データ転送網を用いた確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装の検討." リコンフィギャラブルシステム研究会(RECONF). 慶應大,横浜. January2006. pp.47--52. http://www.ieice.org/ken/program/index.php?tgid=RECONF&lang=jpn
  13. Iwaoka, Y., Osana, Y., Yoshimi, M., Kojima, T., Nishikawa, Y., Funahashi, A., Hiroi, N., Shibata, Y., Iwanaga, N., Kitano, H., and Amano, H..
    "A System Design of Accelerating Biochemical Simulations on Programmable Hardware." The 10th Forum on Software Platforms for Systems Biology. Boston, Massachusetts. October2005. http://www.sbml.org/workshops/tenth/index.html
  14. Funahashi, A..
    "CellDesigner 3.0." The 10th Forum on Software Platforms for Systems Biology. Boston, Massachusetts. October2005. http://www.sbml.org/workshops/tenth/index.html
  15. 長名 保範, 吉見 真聡, 岩岡 洋, 小嶋 利紀, 西川 由理, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明, and 天野 英晴.
    "FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPのシミュレーション制御機構." リコンフィギャラブルシステム研究会(RECONF). 広島. September2005. pp.55--60. http://www.ieice.org/ken/program/index.php?tgid=RECONF&lang=jpn
  16. 岩岡 洋, 長名 保範, 吉見 真聡, 小嶋 利紀, 西川 由理, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明, and 天野 英晴.
    "FPGAを用いた生化学シミュレータ向けSBML処理系の構築." リコンフィギャラブルシステム研究会(RECONF). 広島. September2005. pp.61--66. http://www.ieice.org/ken/program/index.php?tgid=RECONF&lang=jpn
  17. 長名 保範, 岩岡 洋, 福島 知紀, 吉見 真聡, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 舟橋 啓, 広井 賀子, 北野 宏明, and 天野 英晴.
    "FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiP向けの数値積分機構の実装と評価." 第1回リコンフィギャラブルシステム研究会(RECONF). 京都大学, 京都. May2005. pp.49--54. http://www.ieice.org/ken/program/index.php?tgid=RECONF&lang=jpn
  18. 岩永 直樹, 柴田 裕一郎, 吉見 真聡, 長名 保範, 岩岡 洋, 福島 知紀, 天野 英晴, 舟橋 啓, 広井 賀子, 北野 宏明, and 小栗 清.
    "FPGAを用いた生化学シミュレータにおける反応速度関数スケジューリングに関する検討." 第1回リコンフィギャラブルシステム研究会(RECONF). 京都大学, 京都. May2005. pp.43--48. http://www.ieice.org/ken/program/index.php?tgid=RECONF&lang=jpn
  19. 吉見 真聡, 長名 保範, 岩岡 洋, 福島 知紀, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明, and 天野 英晴.
    "ヒープ木を用いた確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装." 第1回リコンフィギャラブルシステム研究会(RECONF). 京都大学, 京都. May2005. pp.37--42. http://www.ieice.org/ken/program/index.php?tgid=RECONF&lang=jpn
  20. 長名 保範, 福島 知紀, 吉見 真聡, 岩岡 洋, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明, and 天野 英晴.
    "FPGAを用いた生化学シミュレータ用のSBML処理系の構築." 情報処理学会計算機アーキテクチャ研究会 [SHINING 2005]. 那覇, 沖縄. January2005. pp.13--18. http://www.hpcc.jp/sigarc/Program/arc153.txt
  21. 岩岡 洋, 長名 保範, 福島 知紀, 吉見 真聡, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明, and 天野 英晴.
    "SBML対応細胞シミュレータ環境の構築." 電子情報通信学会技術研究報告 [CPSY/RECONF]. 慶應義塾大学, 横浜. January2005. pp.63--68. http://www.ieice.org/ken/program/index.php?tgs_regid=3c536169dc1a42e123983394bef1dda8c941d2af527b4dcfa59b3886ad81b6b3&tgid=CPSY&lang=jpn
  22. Funahashi, A..
    "CellDesigner and Hardware Accelerated Simulator." The Ninth Workshop on Software Platforms for Systems Biology. Heidelberg, Germany. October2004. http://www.sbml.org/workshops/ninth/index.html
  23. Hucka, M., Finney, A., Bornstein, B., Shapiro, B., Kovitz, B., Keating, S., Matthews, J., Funahashi, A., Sauro, H., Doyle, J., and Kitano, H..
    "Software Infrastructure for Enabling Greater Collaboration in Computational Modeling: The Systems Biology Markup Language (SBML) Project." EMBS Minisymposium "The Global Physiome Project and Standards for Model Representation". San Francisco, USA. September2004.
  24. Hucka, M., Finney, A., Bornstein, B., Shapiro, B., Kovitz, B., Keating, S., Matthews, J., and Funahashi, A..
    "A Roundup of Software Tools for SBML from SBML.org." BioPathways meeting (ISMB 2004). Glasgow, Scotland. August2004.
  25. Hucka, M., Finney, A., Bornstein, B., Shapiro, B., Kovitz, B., Keating, S., Matthews, J., Funahashi, A., Sauro, H., Doyle, J., and Kitano, H..
    "Efforts Towards Spatial Representations for the Systems Biology Markup Language (SBML) Level 3." Computational Methods for Spatially Realistic Cellular Simulations. Pittsburgh, USA. August2004.
  26. Funahashi, A..
    "CellDesigner." The Seventh Workshop on Software Platforms for Systems Biology. Florida, USA. May2004. http://www.sbml.org/workshops/seventh/index.html
  27. Funahashi, A. and Kitano, H..
    "Current implementation of CellDesigner and KEGG to SBML converter." First SBML Hackathon. Virginia, USA. July2003. http://calvin.bioinformatics.vt.edu/sbml-hackathon/
  28. Hucka, M., Finney, A., Sauro, H., Bornstein, B., Shapiro, B., Schilstra, M., Kovitz, B., Matthews, J., Keating, S., Funahashi, A., Doyle, J., and Kitano, H..
    "Systems Biology Markup Language (SBML): Recent Progress and Current Directions." BioPathways meeting (ISMB 2003). Brisbane, Australia. July2003.
  29. Funahashi, A. and Kitano, H..
    "Converting KEGG DB to SBML." The Sixth Workshop on Software Platforms for Systems Biology. Stockholm, Sweden. December2002. http://www.sbml.org/workshops/sixth/sbmlsbwstockholm.htm
  30. Funahashi, A., Tanimura, N., and Kitano, H..
    "Diagram proposal - Proposal for SBEdit's extension of SBML - Level 1." The Fifth Workshop on Software Platforms for Systems Biology. Hertfordshire, UK. July2002. http://www.sbml.org/workshops/fifth/sbmlsbwhatfieldforumtemplate.htm
  31. 上樂 明也, 鯉渕 道紘, 舟橋 啓, and 天野 英晴.
    "L-turn routing: Irregular Network における Adaprive Routing." 電子情報通信学会技術研究報告 [コンピュータシステム]. April2001. pp.89--96. http://www.symbio.jst.go.jp/funa/papers/cpsy2001-lturn.pdf
  32. 鯉渕 道紘, 上樂 明也, 舟橋 啓, and 天野 英晴.
    "MMLRU selection function: 適応型ルーティングにおける output selection function." 電子情報通信学会技術研究報告 [コンピュータシステム]. April2001. pp.97--104. http://www.symbio.jst.go.jp/funa/papers/cpsy2001-lturn.pdf
  33. 井川 郁哉 and 舟橋 啓.
    "PCクラスタにおける適応型ルーティング." 電子情報通信学会技術研究報告 [コンピュータシステム]. April2001. pp.1--8. http://www.symbio.jst.go.jp/funa/papers/cpsy2001.pdf
  34. 鯉渕 道紘, 舟橋 啓, 上樂 明也, 若林 正樹, and 天野 英晴.
    "Irregular Network における Adaprive Routing の提案." 電子情報通信学会技術研究報告 [コンピュータシステム] (SWoPP 2000). August2000. pp.33--40. http://www.symbio.jst.go.jp/funa/papers/swopp2000.pdf
  35. 上樂 明也, 舟橋 啓, 鯉渕 道紘, 若林 正樹, and 天野 英晴.
    "命令レベルシミュレーションによるadaptive routingの評価." 電子情報通信学会技術研究報告 [コンピュータシステム] (HOKKE 2000). March2000. pp.47--52. http://www.symbio.jst.go.jp/funa/papers/hokke2000.pdf
  36. 上樂 明也, 舟橋 啓, 西村 克信, and 天野 英晴.
    "相互結合網RDTにおける adaptive routing." 電子情報通信学会技術研究報告 [コンピュータシステム]. January1998. pp.67--74. http://www.symbio.jst.go.jp/funa/papers/cpsy1998.pdf
  37. 舟橋 啓, 塙 敏博, 工藤 知宏, and 天野 英晴.
    "相互結合網RDTにおける adaptive routing." 電子情報通信学会技術研究報告 [コンピュータシステム]. October1996. pp.47--54. http://www.symbio.jst.go.jp/funa/papers/cpsy1996.pdf
  38. 安川 英樹, 天野 英晴, 舟橋 啓, and 塙 敏博.
    "MINC:キャッシュ制御機構を持つMIN." 電子情報通信学会技術研究報告 [コンピュータシステム]. October1995. pp.7--12. http://www.symbio.jst.go.jp/funa/papers/cpsy1995body.pdf
  39. 舟橋 啓, 塙 敏博, and 天野 英晴.
    "多重出力可能なMINの耐故障性." 電子情報通信学会技術研究報告 [コンピュータシステム]. August1995. pp.63--70. http://www.symbio.jst.go.jp/funa/papers/swopp1995.pdf
  40. 舟橋 啓, 塙 敏博, and 天野 英晴.
    "多重出力可能なMINにおける耐故障性能評価." 情報処理学会第50回全国大会講演論文集. March1995. pp.6-21--6-22. http://www.symbio.jst.go.jp/funa/papers/zenkoku1995.pdf

ポスター

  1. Cedersund, G., Funahashi, A., Kitano, H., and Krantz, M..
    "A contingency-based approach to mapping and modelling of cellular networks." The 9th International Conference on Systems Biology (ICSB2008). Goteborg, Sweden. August2008.
  2. Funahashi, A., Jouraku, A., Matsuoka, Y., Kikuchi, N., and Kitano, H..
    "CellDesigner4.0: A Process Diagram Editor for Gene-regulatory and Biochemical Networks." The 9th International Conference on Systems Biology (ICSB2008). Goteborg, Sweden. August2008.
  3. Jouraku, A., Ohta, N., Funahashi, A., and Kitano, H..
    "KEGG2SBML: A tool for converting KEGG metabolic pathway database to SBML." The 9th International Conference on Systems Biology (ICSB2008). Goteborg, Sweden. August2008.
  4. Mi, H., Muruganujan, A., Matsuoka, Y., Funahashi, A., Kitano, H., and Thomas, P..
    "PANTHER Pathway Applet - An SBGN compatible pathway visualizing tool based on CellDesigner 4.0." The 9th International Conference on Systems Biology (ICSB2008). Goteborg, Sweden. August2008.
  5. Funahashi, A., Matsuoka, Y., Jouraku, A., Sugimura, H., Oikawa, Y., Kikuchi, N., and Kitano, H..
    "CellDesigner4.0beta: A Modeling Tool for Biochemical Networks." The 8th International Conference on Systems Biology (ICSB2007). Long Beach, USA. October2007.
  6. Hiroi, N., Schuster, E., Ward, J., Piper, M., Jouraku, A., Funahashi, A., Gemes, D., Partridge, L., Novere, N. L., and Thornton, J..
    "Comparison of Insulin signaling pathways among 4 species and 3 tissues of mouse." The 8th International Conference on Systems Biology (ICSB2007). Long Beach, USA. October2007.
  7. Nordling, T. E. M., Hiroi, N., and Funahashi, A..
    "Dynamic modes in biological systems: Why should a biologist care?." The 8th International Conference on Systems Biology (ICSB2007). Long Beach, USA. October2007.
  8. Kitano, H., Funahashi, A., Hucka, M., and Novere, N. L..
    "Systems Biology Graphical Notation." The 8th International Conference on Systems Biology (ICSB2007). Long Beach, USA. October2007.
  9. Hiroi, N., Nordling, T., Funahashi, A., and Kitano, H..
    "Detection of functional modules in graphs depend on a linearisation of the biochemical network." 15th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), 6th European Conference on Computational Biology (ECCB). Vienna, Austria. July2007.
  10. Funahashi, A., Jouraku, A., Matsuoka, Y., Kikuchi, N., and Kitano, H..
    "CellDesigner3.5: A Process Diagram Editor for Gene-regulatory and Biochemical Networks." Computational Cell Biology 2007. New York, USA. March2007.
  11. Hiroi, N., Funahashi, A., and Kitano, H..
    "The Impact of Spatial Restriction on Biological Systems." Computational Cell Biology 2007. New York, USA. March2007.
  12. Yoshimi, M., Osana, Y., Iwaoka, Y., Nishikawa, Y., Kojima, T., Funahashi, A., Hiroi, N., Shibata, Y., Iwanaga, N., Kitano, H., and Amano, H..
    "Hardware Design of a Stochastic Biochemical Simulator." Winter Simulation Conference 2006. Monterey, USA. December2006.
  13. Hiroi, N., Funahashi, A., and Kitano, H..
    "Kinetic modeling method for spatially restricted reactions." Winter Simulation Conference 2006. Monterey, USA. December2006.
  14. Iwaoka, Y., Osana, Y., Yoshimi, M., Kojima, T., Nishikawa, Y., Funahashi, A., Hiroi, N., Shibata, Y., Iwanaga, N., Kitano, H., and Amano, H..
    "An Acceleration of a Biochemical Simulator on Programmable Hardware." The 7th International Conference on Systems Biology (ICSB2006). Yokohama, Japan. October2006.
  15. Funahashi, A., Matsuoka, Y., Jouraku, A., Kikuchi, N., and Kitano, H..
    "CellDesigner3.1: A Process Diagram Editor for Gene-regulatory and Biochemical Networks." The 7th International Conference on Systems Biology (ICSB2006). Yokohama, Japan. October2006.
  16. Kitano, H., Hucka, M., Novere, N. L., and Funahashi, A..
    "Systems Biology Graphical Notation (SBGN) Project." The 7th International Conference on Systems Biology (ICSB2006). Yokohama, Japan. October2006.
  17. Hiroi, N., Funahashi, A., Suzuki, H., Yamamoto, T., and Murray, D..
    "Systems Energetics" - a new approach for cellular systems dynamics -." The 7th International Conference on Systems Biology (ICSB2006). Yokohama, Japan. October2006.
  18. Hiroi, N., Funahashi, A., and Kitano, H..
    "in vivo reaction modeling by DRRK." The 7th International Conference on Systems Biology (ICSB2006). Yokohama, Japan. October2006.
  19. Funahashi, A., Matsuoka, Y., Jouraku, A., Kikuchi, N., and Kitano, H..
    "CellDesigner: A modeling tool for biochemical networks." Conference on Systems Biology of Mammalian Cells (SBMC 2006). Heidelberg, Germany. July2006. http://sbmc06.de/
  20. Yoshimi, M., Osana, Y., Iwaoka, Y., Funahashi, A., Hiroi, N., Shibata, Y., Iwanaga, N., Kitano, H., and Amano, H..
    "The Design of Scalable Stochastic Biochemical Simulator on FPGA." 2005 IEEE International Conference on Field Programmable Technology. December2005.
  21. Hiroi, N., Funahashi, A., Jouraku, A., and Kitano, H..
    "Dimension-restriction affects the reaction rate and accuracy." 6th International Conference on Systems Biology (ICSB 2005). Boston, Massachusetts. October2005.
  22. Hucka, M., Finney, A., Bornstein, B., Shapiro, B., Keating, S., Schilstra, M., Funahashi, A., Jouraku, A., Matthews, J., and Kovitz, B..
    "Software from The SBML Team: LibSBML, MathSBML, SBMLToolbox, CellML2SBML, KEGG2SBML, SBML Test Suite, and the Online Tools." 6th International Conference on Systems Biology (ICSB 2005). Boston, Massachusetts. October2005.
  23. Osana, Y., Iwaoka, Y., Fukushima, T., Yoshimi, M., Funahashi, A., Hiroi, N., Shibata, Y., Iwanaga, N., Kitano, H., and Amano, H..
    "A Framework for ODE-based Multimodel Biochemical Simulations on an FPGA." The 15th Field Programmable Logic and its applications(FPL 2005). Tampere, Finland. August2005.
  24. Iwanaga, N., Shibata, Y., Yoshimi, M., Osana, Y., Iwaoka, Y., Fukushima, T., Amano, H., Funahashi, A., Hiroi, N., Kitano, H., and Oguri, K..
    "Efficient Scheculing of Rate Law Functions for ODE-based Multimodel Biochemical Simulation on an FPGA." The 15th Field Programmable Logic and its applications(FPL 2005). Tampere, Finland. August2005.
  25. Hiroi, N., Funahashi, A., and Kitano, H..
    "Analysis for the movement of a enzyme." 13th Annual International conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2005). Detroit, USA. June2005.
  26. Osana, Y., Fukushima, T., Yoshimi, M., Iwaoka, Y., Funahashi, A., Hiroi, N., Shibata, Y., Iwanaga, N., Kitano, H., and Amano, H..
    "An FPGA-Based, Multi-model Simulation Method for Biochemical Systems." 12th Reconfigurable Architecture Workshop (RAW 2005). Denver, USA. April2005.
  27. Funahashi, A., Tanimura, N., Matsuoka, Y., Yoshinaga, N., and Kitano, H..
    "CellDesigner2.0: A Process Diagram Editor for Gene-regulatory and Biochemical Networks." 1st FEBS Advanced Lecture Course Systems Biology. Gosau, Austria. March2005.
  28. Hiroi, N., Funahashi, A., and Kitano, H..
    "Two Numerical Model Analyses for the Movement of a Restriction Enzyme." 1st FEBS Advanced Lecture Course Systems Biology. Gosau, Austria. March2005.
  29. Funahashi, A., Tanimura, N., Matsuoka, Y., Yoshinaga, N., and Kitano, H..
    "CellDesigner2.0: A Process Diagram Editor for Gene-regulatory and Biochemical Networks." 15th International Conference on Genome Informatics (GIW 2004). Yokohama, Japan. December2004.
  30. Jouraku, A., Funahashi, A., and Kitano, H..
    "Converting the KEGG Pathway Database to SBML." 5th International Conference on Systems Biology (ICSB 2004). Heidelberg, Germany. October2004. http://www.sbml.org/documents/posters/kegg2sbmlICSB2004.pdf
  31. Hiroi, N., Funahashi, A., and Kitano, H..
    "Dimension restricted model analysis reveals the restriction enzyme diffusion along DNA is linear but not sliding." 2nd International Conference on Pathways, Networks, and Systems: Theory and Experiments. Crete, Greece. October2004.
  32. Hiroi, N., Funahashi, A., and Kitano, H..
    "Analysis of the restriction enzyme diffusion manner to reach the specific DNA site." 5th New England Biolabs Meeting on Restriction/Modification. Bristol, UK. September2004.
  33. Hucka, M., Finney, A., Bornstein, B., Shapiro, B., Keating, S., Funahashi, A., Schilstra, M., Kovitz, B., and Matthews, J..
    "SBML Software and Services." 12th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2004). Glasgow, Scotland. July2004. http://sbml.org/documents/posters/ismb-2004-software-poster.pdf
  34. Funahashi, A., Jouraku, A., and Kitano, H..
    "Converting KEGG pathway database to SBML." 8th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB2004). San Diego, USA. March2004.
  35. Funahashi, A., Tanimura, N., and Kitano, H..
    "CellDesigner: A Process Diagram Editor for Gene-regulatory and Biochemical Networks.." 4th International Conference on Systems Biology (ICSB 2003). St Louis, USA. November2003.
  36. Hiroi, N., Funahashi, A., Nordling, T., and Kitano, H..
    "In silico analysis for anchorage independent cell cycle start mechanisms." 4th International Conference on Systems Biology (ICSB 2003). St Louis, USA. November2003.
  37. Finney, A., Hucka, M., Sauro, H., Bolouri, H., Bornstein, B., Shapiro, B., Kovitz, B., Matthews, J., Keating, S., Funahashi, A., Doyle, J., and Kitano, H..
    "Systems Biology Markup Language Levels 2 and 3." 4th International Conference on Systems Biology (ICSB 2003). St Louis, USA. November2003.
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Akira Funahashi <funa @ bio.keio.ac.jp>
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